バイオインフォマティクスデータスキル : オープンソースツールを使ったロバストで再現性のある研究

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バイオインフォマティクスデータスキル : オープンソースツールを使ったロバストで再現性のある研究

Vince Buffalo著 ; 酒匂寛, 山村吉信訳

オライリー・ジャパン , オーム社 (発売), 2020.9

タイトル別名

Bioinformatics data skills : reproducible and robust research with open source tools

タイトル読み

バイオインフォマティクス データ スキル : オープン ソース ツール オ ツカッタ ロバスト デ サイゲンセイ ノ アル ケンキュウ

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注記

監訳: 片山俊明, 川島秀一, 鈴木治夫, 山本泰智

参考文献: p511-513

内容説明・目次

内容説明

バイオインフォマティクス（生命情報科学）とは、コンピュータによる情報解析の手法を生物学の問題に応用する学問のことを指します。本書は、基本的なプログラミングに関する知識を持ったバイオ研究者を対象に、“ロバストで再現性のある研究”のため、複雑で大規模な配列データから意味を抽出し、探索するための技術を解説します。データを処理する方法としてＰｙｔｈｏｎ、Ｒ、Ｇｉｔなどのオープンソースツールを用いるため、次世代のデータにも適用できます。三部構成となっており、第１部ではバイオインフォマティクスの根本的な考え方や学び方、第２部ではプロジェクトを始めるための基本的スキル、第３部では実践編としてツールを使ってどのようにデータを処理するかを学ぶことができます。近年、ニーズが高まりつつあるバイオ分野において不可欠なデータ処理技術のすべてがこの一冊に詰まっています。

目次

  • 第１部　基本方針：ロバストで再現性のあるバイオインフォマティクスのためのデータスキル（バイオインフォマティクスの学習方法）
  • 第２部　前提条件：バイオインフォマティスクプロジェクトを開始するための必須スキル（バイオインフォマティクスプロジェクトの準備と管理；Ｕｎｉｘシェル再入門；リモートマシンで作業する；科学者のためのＧｉｔ；バイオインフォマティクスのデータ）
  • 第３部　実践：バイオインフォマティクスのデータスキル（Ｕｎｉｘツール；Ｒ言語入門；範囲データの操作；配列データの操作；アラインメントデータの操作；シェルスクリプト作成、パイプラインの記述、タスクの並列化；ＴａｂｉｘとＳＱＬｉｔｅ：メモリを使わないアプローチ；おわりに）

「BOOKデータベース」 より

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