次世代シークエンス解析スタンダード : NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY

Bibliographic Information

次世代シークエンス解析スタンダード : NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY

二階堂愛編集

(実験医学, 別冊)

羊土社, 2014.9

Other Title

Standard protocols on next generation sequencing

次世代シークエンス解析スタンダード : NGSのポテンシャルを活かしきるWET & DRY

次世代シークエンス : 解析スタンダード

実験医学別冊

実験医学 : 別冊

Title Transcription

ジセダイ シークエンス カイセキ スタンダード : NGS ノ ポテンシャル オ イカシキル WET & DRY

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Note

文献: 各節末

「NGSのアプリケーションと今後の展望」のその他の執筆者: 野宮唯, 北岡文美代, 中村正裕

「NGSの試薬選択ガイド」のその他の執筆者: 田中梓, 北野優子, 桑原順子

「高精度で結合領域を決定する : GeF-seq」のその他の執筆者: 石川周, Chumsakul Onuma, 中村建介

「CAGE法で転写制御領域を解析する : fastCAGE調製法」のその他の執筆者: 大宮寛子, 末木広美, 石山美樹, 長谷川哲, Timo Lassmann, 伊藤昌可

「育種へ応用する : MutMap」のその他の執筆者: 高木宏樹, 小杉俊一, 夏目俊, 八重樫弘樹, 吉田健太郎, 寺内良平

「DDBJ read annotation pipeline : 解析パイプラインによるRNA-seq de novo assemblyとイネ多型解析」のその他の執筆者: 望月孝子, 谷沢靖洋, 神沼英里, 中村保一

「NGSデータを公共データベースへ登録する」のその他の執筆者: 真島淳, 高木利久, 中村保一

Contents of Works

  • NGSのアプリケーションと今後の展望 / 渡辺亮 [ほか執筆]
  • NGSの試薬選択ガイド / 渡辺亮 [ほか執筆]
  • 現行機種の長所・短所とその選択 / 中村昇太 [執筆]
  • NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎 / 二階堂愛 [執筆]
  • メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する : Exome-seq / 鶴崎美徳 [執筆]
  • 遺伝子診断 : ターゲットキャプチャ / 才津浩智 [執筆]
  • アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する / 熊井広哉 [執筆]
  • がんゲノムから後天的変異を抽出する : Genomon-exome における方法論 / 白石友, 千葉健一, 宮野悟 [執筆]
  • HLA遺伝子の完全配列を決定する / 細道一善, 井ノ上逸朗 [執筆]
  • ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する / 清水厚志, 八谷剛史, 田原康玄 [執筆]
  • ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント / 門田満隆, 蓑田亜希子 [執筆]
  • RとBioconductorでChIP-seqデータを解析する / 二階堂愛 [執筆]
  • 高精度で結合領域を決定する : GeF-seq / 大島拓 [ほか執筆]
  • バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する : PBAT法 / 三浦史仁, 伊藤隆司 [執筆]
  • メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する : MBD-seq法 / 團野宏樹, 笹川洋平, 二階堂愛 [執筆]
  • メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する 1 : HELPアッセイの基本と微量DNAメチル化解析を可能とするサンプル調製法 / 池田理恵子, 阿部訓也 [執筆]
  • メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する : NGSを用いたHELP-tagging の実際 / 鈴木雅子, 阿部訓也 [執筆]
  • クロマチン立体構造を評価する : 3C, CHIA-PE / 井上剛 小林美佳, 和田洋一郎 [執筆]
  • オープンクロマチンを同定する / 中村正裕, 脇裕典 [執筆]
  • 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる / 鈴木絢子, 鈴木穣, 菅野純夫 [執筆]
  • 1細胞から遺伝子発現を網羅的にみる : Quartz-Seq / 笹川洋平, 二階堂愛 [執筆]
  • CAGE法で転写制御領域を解析する : fastCAGE調製法 / 村田光義 [ほか執筆]
  • 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する : PacBio RSIIを用いたアセンブル / 寺林靖宣, 照屋邦子, 佐藤万仁 [執筆]
  • 細菌種や組成を調べる : メタ16Sとメタゲノム解析 / 須田亙, 大島健志朗, 服部正平 [執筆]
  • 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる : メタゲノムデータ解析 / 八谷剛史 [執筆]
  • ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する / 藤江学, 山崎慎一 [執筆]
  • 非モデル生物の遺伝子発現をみる : RNA-Seaとde novoゲノム / 尾崎克久 [執筆]
  • 非モデル生物のSNP を探索する : RAD-seq / 柿岡諒 [執筆]
  • 育種へ応用する : MutMap / 阿部陽 [ほか執筆]
  • 解析環境を導入する : スパコンの利用 / 小笠原理 [執筆]
  • LPMを用いて解析環境を構築する / 笠原雅弘 [執筆]
  • Galaxyを用いてグラフィカルに解析する : 解析パイプラインによるChIP-seqとCAGEデータの利用 / 下地寿, 川路英哉 [執筆]
  • DDBJ read annotation pipeline : 解析パイプラインによるRNA-seq de novo assemblyとイネ多型解析 / 長崎英樹 [ほか執筆]
  • 変異を解析する : グラフィカルなインターフェイスを使って / 宮本真理 [執筆]
  • ゲノムブラウザを用いて可視化する 1 : UTGB Toolkitによる可視化 / 斉藤太郎 [執筆]
  • ゲノムブラウザを用いて可視化する 2 : Genome Jack による可視化 / 石川元一, 野原祥夫, 谷嶋成樹 [執筆]
  • NGSデータを公共データベースへ登録する / 児玉悠一 [ほか執筆]

Description and Table of Contents

Table of Contents

  • 1 基礎編
  • 2 プロトコールメディカル・クリニカルシークエンス
  • 3 プロトコールエピゲノム
  • 4 プロトコールトランスクリプトーム・転写制御
  • 5 プロトコール環境・進化・生物資源
  • 6 プロトコールデータ解析と環境構築

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    羊土社 1987.11-

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Details

  • NCID
    BB16361687
  • ISBN
    • 9784758101912
  • Country Code
    ja
  • Title Language Code
    jpn
  • Text Language Code
    jpn
  • Place of Publication
    東京
  • Pages/Volumes
    401, 27p
  • Size
    26cm
  • Classification
  • Subject Headings
  • Parent Bibliography ID
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